Untuk mewujudkan tata kelola yang baik dan transparan serta tugas dan fungi setiap sendi-sendi dalam organisasi maka perlu dibuat suatu bentuk struktur organisasi yang jelas. Struktur organisasi di Institut Teknologi Mitra Gama adalah :
Struktur Organisasi di Institut Teknologi Mitra Gama dipimpin oleh seorang Rektor dan didalam pelaksanaan tugasnya Rektor dibantu oleh dua orang Wakil Rektor yaitu: 1) Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan. dan 2) Wakil Rektor Bidang Umum dan Keuangan. Dalam kegiatan aktivitas administrasi dan rumah tangga terintegrasi dengan kebijakan dari akademik. Untuk sarana perkuliahan serta kebersihan lingkungan kampus dilakukan oleh petugas yang ditunjuk oleh akademik. Kegiatan praktikum di laboratorium komputer dikoordinir oleh dosen yang ditunjuk oleh Rektor dan di koordinasikan ke Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan.